Con poco más de 6,000 ha (8,500 Mz) de hábitat natural en diferentes grados de conservación identificadas, Río Sapo tiene el potencial de convertirse en la mayor área natural protegida terrestre de El Salvador.

La cobertura de hábitat natural continúa del lado hondureño, hacia el norte y este, por lo que existe la posibilidad de crear una reserva binacional.

La cobertura del área continúa del lado hondureño, hacia el norte, por lo que cabría la posibilidad de crear una reserva binacional.

El área natural de Río Sapo se conecta al sur y oeste, mediante corredores de vegetación, principalmente sobre los márgenes de los ríos Sapo, Torola y Rosario, con otras masas de vegetación del norte del departamento de Morazán, por lo que también podría convertirse en un sistema regional de áreas naturales protegidas.

El área alberga algunos de los ecosistemas más amenazados de la región centroamericana, como el bosque de pino-roble y las comunidades de líquenes, musgos y vegetación esclerófila semi-desértica sobre formaciones rocosas, que ocupa su zona de transición hacia las tierras bajas. Y es refugio de poblaciones de especies únicas o muy amenazadas a nivel nacional, incluyendo la que posiblemente sea la última población de puma en El Salvador. (Diversidad Biológica)