El crecimiento descontrolado del turismo, el aparecimiento de nuevos asentamientos humanos, la mala disposición de los desechos producidos por estos, los proyectos de construcción de represas hidroeléctricas actualmente en evaluación, la tala descontrolada (que muchas veces se realiza con consentimiento de las autoridades forestales), la pesca y caza furtivas, son todos lamentables hechos actuales que colocan al área natural de río Sapo bajo grave amenaza.
El turismo descontrolado y el crecimiento de nuevos asentamientos humanos constituyen sin duda los mayores problemas ambientales locales de la actualidad. Estos deterioran y fragmentan los hábitat naturales, desvían y consumen el agua de los virtientes (lo que ha llevado a un notorio déficit hídrico del río, que se acentúa año con año), generan desechos y vertidos contaminantes.
Los principales focos de problemas se ubican en los márgenes superiores de la cuenca, en los sitios conocidos como el “Bailadero del Diablo”, “Llano del Muerto” y “Rancho Quemado”, sobre el parte-aguas que separa las cuencas de río Sapo y río Negro, en los límites norte y noroeste del área natural. En “Llano del Muerto” y “Rancho Quemado” se han desarrollado dos nuevos asentamientos humanos de los mismos nombres; mientras que en el “Bailadero del Diablo” y “Llano del Muerto” ha proliferado una infestación de negocios turísticos, incluso moteles, y propiedades vacacionales privadas, casi destruyendo uno de los hábitat más raros y valiosos del país: la comunidad de líquenes, musgos y bromelias de la meseta rocosa; considerada una vez por el botánico Alex Moroe, del Museo de Historia Natural de Londres, como el área con mayor diversidad de líquenes de la región mesoamericana.
Sin embargo; el deterioro ambiental, aunque más concentrado en los focos antes mencionados, no se limita a ellos. A lo largo y ancho del territorio se observa el surgimiento de nuevos caminos y veredas, que conducen a viviendas recientemente construidas o que son utilizados por leñadores y cazadores furtivos para saquear los recursos naturales; así como para la expansión de las fronteras agrícola y ganadera, a expensas de la vegetación natural.
De la mano de los nuevos colonos, leñadores, cazadores y turistas descuidados llega otro problema antes casi inexistente en el área, pero que en años recientes ha cobrado relevancia: los incendios forestales.
Durante años las comunidades y algunas organizaciones locales de base lucharon y lograron frustrar los intereses privados de construir una represa hidroeléctrica en la parte inmediata inferior al puente río Sapo, ubicado sobre la calle que comunica a Joateca con Arambala, y que hubiera significado la destrucción del hábitat de las especies acuáticas y riberinas. Recientemente, la Superintendencia General de Electricidad y Telecomunicaciones (SIGET) hizo del conocimeinto público el haber admitido la solicitud de conseción para la construcción de una represa hidroeléctrica sobre el río El Calambre, tributario de río Sapo; lo que representa la mayor amenaza potencial actual al área y su biodiversidad.
